L’Eglise Protestante Baptiste Œuvres et Mission est dirigée par son président fondateur Rév. Dr YAYE Dion Robert. L’œuvre compte en ce jour, 549  pasteurs qui gèrent les ministères et les églises.

Elle organise chaque année son assemblée générale pour faire le bilan des activités et présenter les nouvelles perspectives. Elle réunit à cet effet le conseil international et le conseil pastoral. Le conseil d’administration, cet autre organe de direction est présidé par le Président fondateur lui-même assisté par les ressources humaines qui  gèrent le personnel pastoral et laïc. Est également rattaché à la présidence, le secrétariat pastoral qui fait les procès verbaux des différentes réunions et coordonne toutes les secrétaires des ministères.

Ensuite les champs de mission composés des églises locales et annexes, églises de maison, églises de la jeunesse, champs de mission Côte d’Ivoire, Afrique du Nord-Ouest, Afrique de l’Est, l’Afrique centrale, l’Afrique du Sud, l’Europe et Amérique. Dix-huit ministères (18) regroupés en blocs ministériels travaillent jour et nuit pour réaliser le programme de Jésus-Christ. Ces ministères se présentent comme suit : Le ministère de l’enseignement biblique chargé de la formation des Directions des différents ministères. Le ministère d’évangélisation qui comporte l’évangélisation  générale, l’évangélisation en milieu hospitalier et pénitencier. Ensuite le ministère des relations d’aide qui regroupe les ministères chargé de l’étude des traditions et religions, du diaconat, de la famille, de l’intercession et de la délivrance et de la croissance de la femme et enfin le bloc des ministères spécialisés.

Le bloc spécialisé renferme des ministères dont les activités en dépit du spirituel sont  plus professionnelles. Ce sont : Le ministère des mass-médias chargé de conserver le souvenir de toutes les activités de l’œuvre à travers la radio, les éditons et autres supports. Le ministère en charge des relations publiques gère les aspects protocolaires c’est-à-dire  qu’il entretient des relations administratives et juridiques avec les institutions. Le ministère de l’économie et des finances élabore les budgets et veille à son fonctionnement pour la stabilité financière de l’église. Le ministère chargé de la sécurité et de l’ordre veille à la sécurité et l’ordre au cours des grands programmes et cultes. Le ministère chargé de l’adoration et de la louange  et pour terminer le  ministère des œuvres sociales et humanitaires qui coordonne toutes les activités socio-économiques.

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